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O Mestrado Profissional em Gestão de Sistemas de Engenharia (MPGSE) da UCP está vinculado ao Centro de Engenharia e Computação (CEC) e à Pró-Reitoria de Pós-Graduação e Pesquisa. O MPGSE foi recomendado pela CAPES na 138ª Reunião do Conselho Técnico Científico da Educação Superior (CTC-ES), realizada nos dias 20 a 24 de agosto de 2012 em Brasília. O MPGSE, possui uma área de concentração em Sistemas de Engenharia e duas linhas de pesquisa: Modelagem Computacional e Projeto, Planejamento e Controle de Sistemas de Engenharia. O MPGSE funciona nas dependências do Centro de Engenharia e Computação (Campus BA) da Universidade Católica de Petrópolis e dispõe de ótima-infraestrutura que atende ao seu corpo docente e ao seu corpo discente.